C型肝炎ウイルス（HCV）に感染しているかどうかは血液を検査して調べます。検査としては、以下のようなものが用いられています。

1.HCV抗体検査：HCVに感染した生体が作る抗体を検査する方法
2.HCVコア抗原検査：HCV粒子を構成するコア粒子のタンパクを直接検査する方法で、検体（血清）の中のHCVの存在、量を知るために用いられる。
3.核酸増幅検査（Nucleic acid Amplification Test: NAT）：HCVの遺伝子（RNA）の一部を試験管内で、約1億倍に増やして検出する検査法で、検体（血清）中のごく微量のHCVを感度よく検出する。

日常検査では、まずHCV抗体を検査します。「HCV抗体陽性」と判定された人の中には、「現在HCVに感染している人（C型肝炎ウイルス持続感染者（HCVキャリア））」と「過去に HCVに感染し、治癒した人（感染既往者）」とが混在しています。このため、HCVキャリアと感染既往者とを適切に区別するためにHCV抗体検査とHCVコア抗原検査、またはNATを組み合わせて判断する方法が一般に採用されています。なお、HCVに感染した直後には、HCVが存在しても、HCV抗体が陰性の時期があります（HCV抗体のウィンドウ期）が、これは 新規のHCV感染の発生が少ない我が国ではごくまれなこととされています。

C型肝炎ウイルス（HCV）は、直径55~57nmの球形をしたRNA型のウイルスです。ウイルス粒子は二重構造をしており、ウイルスの遺伝子（HCV RNA）とこれを包んでいるヌクレオカプシドから成る粒子（コア粒子）、そして、これを被う外殻（エンベロープ）から成り立っています。HCV抗体とは、HCVのコア粒子に対する抗体（HCVコア抗体）、エンベロープに対する抗体（E2/NS-1抗体）、HCVが細胞の中で増殖する過程で必要とされるタンパク（非構造タンパク Non. Structural：NSタンパク ）に対する抗体（C100-3抗体、C-33c抗体、NS5抗体など）のすべてを含む総称です。「HCV抗体陽性」と判定された人は、「現在HCVに感染している人と「過去にHCVに感染し、治癒した人（感染既往者）」とに大別されます。一般に、HCVキャリアでは、血液中に放出され続けるHCVの免疫刺激に身体がさらされていることからHCV抗体がたくさん作られています（HCV抗体「高力価」陽性）。
しかし、抗体を作る能力には個人差があることから、ごくまれに、HCVキャリアでも抗体があまりたくさんは作られていない人（HCV抗体「中力価」陽性）や、少ししか作られていない人（HCV抗体「低力価」陽性）も存在します。
一方、HCVに急性感染した後に自然に治癒した人や、HCVキャリアであった人がインターフェロン治療などにより、HCVが体内から完全に排除されて治癒した場合（感染既往者）では、年単位の時間をかけて、血液中のHCV抗体は低下していきます。
なお、HCVが体内から排除されて間もない人（インターフェロン治療直後など）では、まだ HCV抗体が「高力価」陽性の場合があります。また、逆に、HCVに感染した直後では、身体の中にHCVが存在しても、まだHCV抗体が陰性の場合があります（HCV抗体のウィンドウ期）。しかし、これは新規のHCV感染の発生が少ない我が国ではごくまれなこととされています。

C型肝炎ウイルス（HCV）のコア粒子の表面を構成するタンパクがHCVコア抗原です。HCVコア抗原は、外殻（エンベロープ）に被われてHCV粒子の内部に存在することから、そのままでは検出されません。HCVに感染している人の血中には、HCV粒子とともにHCVのコアに対する抗体も共存することから、単純にウイルスの外殻（エンベロープ）を壊してもすぐに HCVコア抗原と抗体の反応が起きてしまい、検出することができなくなってしまいます。 このため、HCVコア抗原を検出するためには、検査に先立って、HCV粒子とともに、ウイルスに対する抗体をタンパクの最小単位（ペプチド）にまで分解する処理をします（前処理）。この前処理により、HCVのコアペプチドの抗原活性は残りますが、ウイルスに対する抗体は活性を失います。
この性質を利用して、前処理した後に酵素抗体法（EIA法）、免疫化学発光法などの手法を用いてコア抗原を検出する検査法です。
HCVコア抗原を検査する意義としては、下記が挙げられます。

• 検体（血清）中のHCVの存在の有無を直接的に知ることができる。
• 検体（血清）中のHCVの量を知ることができる。
• 核酸増幅検査（NAT）と比べ、検体（血清）の扱い、保存が簡便である。
• 核酸増幅検査（NAT）に比べ、検査の操作が簡便であり、特別な訓練や施設を必要としない。
• 検査費用が安価である。

HCVコア抗原検査は、その感度、特異度が向上したことから、C型肝炎の経過観察や治療効果のモニタリングなどに広く利用されています。

核酸増幅検査（Nucleic acid Amplification Test：NAT）とは、標的とする遺伝子の一部を試験管内で約1億倍に増やして検出する方法です。
この方法を応用すると、検体（血清）の中に存在するごく微量のHCVを感度よく検出できることから、HCV抗体が「中力価」~「低力価」陽性を示す人を、C型肝炎ウイルス持続感染者（HCVキャリア）と感染既往者とに分けることができるようになりました。また、HCVに感染した直後で、抗体が作られる以前の時期（HCV抗体のウィンドウ期）の人についても的確に診断ができるようになり、輸血用の血液の安全性の向上に役立てられています。
さらに、血液中のHCV-RNAを定量することができるようになったことからHCV感染の経過を適切に把握して、健康管理に役立てたり、抗ウイルス療法を行った際の経過観察や治療効果の判定にも役立てることができるようになりました。

現在認可を受けて市販されている各種のHCV検査試薬を用いた場合、「正しい意味での偽陽性反応」はほとんどないと言ってよいでしょう。
しかし、HCV抗体陽性者の中には、「現在C型肝炎ウイルス（HCV）に感染している人」と、 「過去にHCVに感染し、治癒した後の人（感染既往者）」とがいることから、HCV抗体検査だけでは、現在HCVに感染しているかどうかの正しい診断はできないことがわかっています。特に、HCV抗体が陽性であっても、HCV抗体「低力価」と判定される人では、そのほとんどでHCV-RNAは検出されない（HCVの感染既往者と判定してよい）ことから、必要以上にHCV抗体の検出感度が高い試薬を用いることは意味がないばかりか、かえって診断する上で混乱を招く場合があると言えます。
現在では、HCVキャリアと感染既往者とを適切に区別するために、血清中のHCV抗体の量（HCV抗体価）を測定することと、HCVコア抗原検査または核酸増幅検査（NAT）を組み合わせて検査する方法が一般に採用されています。

現在認可を受けて市販されている各種の検査試薬を用いた場合、「正しい意味での偽陰性反応」はほとんどないといってよいでしょう。ただし、HCVに感染した直後では、身体の中にHCVが存在しても、まだ抗体が作られていない時期（HCV抗体のウィンドウ期）のことがありますので注意が必要です。しかし、新規のHCV感染の発生がきわめて少ない我が国では、一般にHCV抗体のウィンドウ期に検査を受けることは、ごくまれなこととされています。

ウイルスの遺伝子型とは、ウイルスの遺伝子を構成する塩基配列の違いをもとに、いくつかの型に分類したもののことです。C型肝炎ウイルス（HCV）は、大きく分けて6つの遺伝子型（ジェノタイプ）に分類されていますが、このうち、日本では1bが全体の約70%を占め、次いで2aが約20%、2bが約10%となっており、これ以外の型はごく少数に見られるに過ぎないことが明らかにされています。

感染したC型肝炎ウイルス（HCV）の量によって多少の差はありますが、一般に感染後3ヵ月くらいでHCV抗体は検出されるようになるとされています。ごく微量のHCV（感染成立に必要な最小HCV量）を実験的に感染させたチンパンジーでは接種後3.3ヵ月でHCV抗体が検出できるようになることがわかっています（吉澤、他:2004）。

感染成立直後のC型肝炎ウイルス（HCV）は、きわめて早いスピードで増殖することがわかっています。例えば、実験的にHCVを感染させたチンパンジーでは、感染成立直後に血液中のウイルス量が2倍に増えるために要する時間（ダブリングタイム）は10時間弱、10倍に増えるために要する時間はおよそ1.5日であることがわかりました。実験的には、ごく微量のHCV（感染成立に必要な最少ウイルス量）を感染させた場合、6~9日で血中のHCV RNA が検出できるようになることがわかっています（Tanaka J. et al：2005）。

以下のような方々は、C型肝炎ウイルス（HCV）の検査を受けておくことをお勧めします。
a. 平成4年（1992年）以前に

• 輸血を受けたことがある方
• 大きな手術を受けたことがある方
• フィブリノゲン製剤（フィブリン糊としての使用を含む）を投与されたことがある方
• 血液凝固因子製剤を投与されたことがある方
• 臓器移植を受けたことがある方

b. 長期に血液透析を受けている方
c. 薬物濫用者、入れ墨（タトゥー）をしている方
d. ボディピアスを施している方
e. その他（過去に健康診断等で肝機能検査の異常を指摘されているにもかかわらず、その後、肝炎の検査を受けていない方等）

核酸増幅検査（Nucleic acid Amplification test：NAT）によるHCV-RNA検査を受け、「現在ウイルスに感染している状態」なのか、「過去にウイルスに感染し、治癒した状態（感染既往者）」なのかを判別します。「現在ウイルスに感染している」ことがわかった場合には、血液中のウイルス量、肝臓の状態（肝炎の活動度、病期）を調べ、直ちに治療を始める必要があるか、当面は経過を観察するだけでよいかを決定します。このためには、C型肝炎に詳しい医師による精密検査が必要です。

医療機関では以下の検査が行われます。

＜血液検査＞
1. 肝炎ウイルスの検査
C型肝炎ウイルス持続感染（HCVキャリア）であることの確認、および、HCVの量、HCVの遺伝子型（ジェノタイプ）などについても調べます。

2. 血液生化学検査
AST（GOT）、ALT（GPT）値の測定により、肝細胞破壊の程度（活動度）を調べます。 この他、肝臓の機能（タンパク質合成の能力、解毒の能力などが保たれているか）、血小板数なども調べます。

＜超音波（エコー）検査＞
肝臓の病期の進展度（ごく初期の慢性肝炎か、肝硬変に近い慢性肝炎かなど：線維化の程度）、肝臓内部の異常（がんなど）の有無を調べます。

これらの検査の結果により、必要に応じて次の段階の検査（CT、MRI、血管造影など）が行われることもあります。